长兴四年（闽龙启元年，933年），以“山自永福里，水自清源里，会于治所”，改福唐为福清。隶长乐府（是年，福州升为长乐府）。两宋，福清县仍隶福州。其间，在北宋太平兴国五年（980年），曾改隶兴化军。太平兴国八年（983年），复隶福州。南宋景炎元年（1276年），升福州为福安府，福清县隶福安府。
元初，福清县属福州路。元贞元年（1295年），以户满四万，升为福清州，仍隶福州路。明洪武元年（1369年）复为县，隶福州府。南明隆武元年（1645年），隶天兴府。清代，福清县仍隶福州府。嘉庆三年（1798年），析福清县海坛岛地置平潭建军厅，直隶福州府。
民国元年，福清县属东路道（民国三年，改称闽海道）。民国十四年，福清县直属省辖。民国廿二年12月至民国廿三年1月，中华共和国人民革命政府期间，福清县属闽海省。民国廿三年7月，福清县隶福建省第一行政督察区。同年8月，南日岛归福清县管辖。民国廿四年4月，南日岛从福清县析出，设立南日岛特种区，归第一行政督察区管辖。同年9月10日，南日岛归福清县管辖，列为第四区署。民国廿五年12月，第四区署改为南日特种区，直属省辖（至此，南日岛脱离福清。民国廿九年5月，南日岛特种区裁撤，划归莆田县管辖）。民国三十六年4月，福清县直属省辖。
1949年8月16日解放。历属福建省第四行政督察区（1949年9月）、闽侯专区（1950年）、晋江专区（1956年）、闽侯专区（1959年）、莆田地区（1971年）、福州市（1983年7月）。
1990年12月26日国务院批准，撤销福清县，设立福清市（县级）。1991年5月5日正式挂牌。
宋初分为10乡，后分为太平、万安、崇德、孝义、长乐、感德、永福7乡。元明划为6隅，清沿明制，6隅为：东隅、西隅、南下隅、南上隅、北一隅、北二隅。民国25年（1936年）划为一、二两区和南日岛特种区署，民国31年并为渔溪、高山2区，民国35年划为玉融、东张、海口、渔溪、龙田、高山6镇和平化、崇孝、仁义、东瀚、光贤、江阴6乡。1949年划为玉融、东张、海口、渔溪、龙田、高山6镇和仁义、江得、光贤、江阴、平化、东瀚、化南、化北8乡。1958年实行人民公社化，1961年划为18个人民公社，1983年划为21个人民公社。1984年实行政社分开，各公社分别改为乡（镇），共设7个镇14个乡，后陆续将14个乡改为镇，并撤销融城镇，设立融城镇街道办事处。>>更详细内容
2000年，福清市总人口1174540人，各乡镇人口： 融城街道 91174 音西镇 83629 宏路镇 67453 阳下镇 45824 海口镇 88732 城头镇 46517 南岭镇 5647 龙田镇 114493 江镜镇 79825 港头镇 66099 高山镇 60248 沙埔镇 43273 三山镇 95976 东瀚镇 36194 渔溪镇 48554 上迳镇 30747 新厝镇 28337 江阴镇 64816 东张镇 28630 镜洋镇 30772 一都镇 10214 江镜华侨农场虚拟镇 3896 东阁华侨农场虚拟镇 3490 （根据第五次人口普查数据；单位：人）
2003年辖1个街道、20个镇：融城街道、宏路镇、东张镇、海口镇、龙田镇、高山镇、渔溪镇、音西镇、城头镇、江镜镇、三山镇、江阴镇、阳下镇、港头镇、沙埔镇、东翰镇、上迳镇、新厝镇、镜洋镇、一都镇、南岭镇。
2005年，福清市拟调整中心城区行政规划，撤3镇，设7个街道办事处：撤销音西镇、阳下镇和宏路镇；设立玉屏、龙山、龙江、音西、宏路、石竹、阳下7个街道办事处。该项调整还有待上级主管部门正式批复。调整后的福清市区总面积244.5平方千米，总人口45.8万人。
2005年12月24日，福建省人民政府《关于同意福清市中心城区行政区划调整的批复》（闽政文[2005]586号）：同意撤销音西、阳下、宏路、融城等3个镇、1个街道，析出海口镇的祥丰、塘头、北店、柏渡、隆中、坊里、南宅、先强等8个村委会，整合设立玉屏、龙山、龙江、音西、宏路、石竹、阳下7个街道办事处。这是福清市中心城区行政区划作出的一次重大调整，涉及5个镇街100个村（社区），调整后的市区总面积将扩大10倍，达244.5平方千米，总人口45.8万人。各街道办事处行政区划如下：
（1）玉屏街道办事处：因其辖区内有座“玉屏山”而得名，区域范围为后墓溪以东，东门路以西，石井村以南，龙江以北，面积7.3平方千米，人口8.6万人，辖原融城街道办事处的小桥、一拂、北大、锦云、小北、西大、金墩、柳池、向高、幸福、西云、融北、玉屏、西文等14个社区居委会和原音西镇的石井村委会。玉屏街道办事处驻江滨路9号。
（2）龙山街道办事处：因其辖区内有“龙山公园”而得名，区域范围为东门街以东，先强村以西，龙东村以南，龙江以北，面积34平方千米，人口5.6万人，辖原融城街道办事处的瑞云、东皋、融东、瑞亭等4个社区居委会和原音西镇的东刘、龙东、玉峰、玉塘、倪浦等5个村委会及原海口镇的祥丰、塘头、北店、柏渡、隆中、坊里、南宅、先强等8个村委会。龙山街道办事处驻海城路22号。
（3）龙江街道办事处：因其临福清的母亲河“龙江”而得名，区域范围为观音埔村以东，安民岭以西，龙江以南，朝阳村以北，面积31.1平方千米，人口5.2万人，辖原融城街道办事处的龙江社区居委会和原音西镇的下梧、松潭、松峰、安民、苍霞、霞楼、东南、朝阳等8个村委会及原宏路镇的观音埔、小南洋2个村委会。龙江街道办事处驻龙江路118号。
（4）宏路街道办事处：沿用现宏路镇地名，区域范围为真丰村以东，石门村以西，清昌大道以南，南峰村以北，面积36.6平方千米，人口5.6万人，辖原宏路镇的宏路社区居委会和圳边、周店、南峰、金印、大埔、新华、东坪、溪下、宏路、石门等10个村委会。路街道办事处驻清昌大道253号。
（5）石竹街道办事处：，因其辖区内有国家4A级旅游风景区“石竹山”而得名，区域范围为真丰村以东，北前亭村以西，洋梓村以南，清昌大道以北，面积15.4平方千米，人口5.3万人，辖原宏路镇的福耀社区居委会和北前亭、棋山、真丰、跃进、龙塘、高山仑、洋梓、宏兴等8个村委会。石竹街道办事处驻清荣大道191号。
（6）音西街道办事处：沿用现音西镇地名，区域范围为洋梓村以东，后墓溪以西，云中洋村以南，龙江河以北，面积51.1平方千米，人口10.3万人，辖原融城街道办事处的融西、凤山社区居委会和原音西镇的融音社区居委会及音西、云中洋、文楼、龙溪、马山、瑶峰、珠山、西楼、洋埔等9个村委会、原阳下镇的埔尾、芦院2个村委会。音西街道办事处驻清荣大道55号。
（7）阳下街道办事处：沿用现阳下镇地名，区域范围为虎溪以东，玉屏山以西，作坊村以南，奎岭村以北，面积69平方千米，人口5.1万人，辖原阳下镇的洪宽社区居委会和奎岭、北林、阳下、油楼、玉岭、新局、溪头、屿边、下坝、东田、作坊、高厝、上亭、中亭、下亭、北亭、北山、上街、漈头、后坂、西洽、梨庄等22个村委会。阳下街道办事处驻圣帝桥6号。
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